女性双侧附件囊肿是否严重，还需要根据囊肿的性质来判断的。如果囊肿是生理性的，体积比较小，没有引起任何的临床症状，这种情况不严重，一般囊肿会自行的吸收消失，可以在月经干净后三天左右的时间到医院做超声检查，观察囊肿是否缩小，消失。如果囊肿体积比较大，比如直径超过5厘米，引起临床症状。比如下腹部疼痛，影响排便、排尿或者做盆腔核磁，抽血化验肿瘤标志物，考虑囊肿有恶性的倾向，这样就比较严重，需要及时手术进行治疗，将囊肿切除，切除的组织物还需要做病理检查，明确诊断。