肾结石的病人如果在手术之后出现小便时候，阴茎疼痛，首先可能是由于泌尿系感染所引起，因为肾结石的病人往往是合并尿道感染的存在，在手术之后，这种感染有可能会加重，所以在手术之后就可能出现小便时候的阴茎疼痛、不适，还可以出现尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状，另外，还有可能是在进行肾结石的手术时候，通过进尿道的一些操作，导致一些尿道的粘膜损伤，从而引起病人出现小便的时候阴茎疼痛不适，针对这种疼不适往往在术后随着时间的延长，逐渐的恢复，慢慢是可以恢复正常的，往往也不需要进行特殊的止痛治疗，大部分病人是可以忍受的。