十二指肠溃疡的药物治疗包括：1.抑制胃酸分泌的药物，包括H2受体拮抗剂和质子泵抑制剂，质子泵抑制剂是消化性溃疡的治疗的首选药物;2. 根除幽门螺杆菌的药物，十二指肠球溃疡不论活动与否，幽门螺杆菌阳性的病人均应根除幽门螺杆菌，目前我国的指南和共识意见推荐，在没有铋剂使用禁忌症的情况下，采用含有铋剂的四联疗法进行幽门螺杆菌的根除，疗程10-14天；3.胃黏膜保护剂，包括铋剂和弱碱性抗酸剂，常用的有铝碳酸镁、磷酸铝、硫糖铝、氢氧化铝凝胶等，这些药物可以中和胃酸，起效快，可暂时短暂缓解疼痛。一般十二指肠球溃疡的治疗疗程为4~6周。