阴茎有小颗粒可能为阴茎珍珠状丘疹，或者生殖器疱疹所导致。如果阴茎部位的颗粒没有其他的临床症状，数量也不多，可能是阴茎珍珠状丘疹。它属于一种良性的病变，不会对生殖系统造成任何影响，可不予进行治疗。如果阴茎部位的小颗粒还伴有发红、疼痛、糜烂、瘙痒等不适症状，可能是存在生殖器疱疹。应当及时就医进行检查，明确感染的严重程度，然后及时的进行治疗，避免对生殖系统造成不良影响。