宝宝肛门囊肿需要采取抗炎治疗，可以口服抗生素，或者是注射抗生素进行治疗。如果同时伴有脓肿的情况下，可以配合引流治疗。如果特别严重，就需要采取手术的方式进行治疗。宝宝肛门囊肿通常是由于宝宝在免疫力低下的时候，导致各种细菌感染所引起的，发病期间一定要清淡饮食，低盐，低脂饮食，避免吃刺激性的食物，少吃油腻性的食物，预防消化系统疾病的发生，排便以后一定要及时地清洗，保持肛门卫生，这样就能够促进肛门囊肿更快的康复。所以当出现这种情况的时候，应该及时在医生指导下进行正规治疗。