男性小便刺痛，最常见是泌尿道感染所导致，常见是细菌的感染，比如大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯杆菌等。一般对这种感染可以应用抗生素来进行治疗，目前常用抗生素有左氧氟沙星、头孢克肟、头孢地尼等。其外还可以见于少见的病原菌感染引起的尿道炎，比如支原体、衣原体以及淋球菌等。如果尿道感染支原体、衣原体，称为非淋菌性尿道炎。一般排尿也会有刺痛，晨起时尿道会有稀薄的液体流出，行尿液核酸检查可以进行确诊。对于这种非淋菌性尿道炎，可以应用四环素以及大环内酯类的药物，比如阿齐霉素等，进行抗感染治疗。如果感染淋病导致的淋菌性尿道炎，也可以导致小便刺痛，而且尿道会流出黄白色的脓液。对于这种情况，应用头孢曲松等进行抗感染治疗。另外还需要确定要到是否有结石，尿道内结石梗阻也可以引起小便的疼痛，而且比较剧烈。对于这种情况，可以行手术将结石取出。