肛窦炎的治疗一般包括药物保守治疗和手术治疗，其中药物保守治疗主要是以抗感染，局部使用抗生素药膏或者是高锰酸钾粉来进行坐浴。而手术治疗主要是对药物保守治疗无效的患者，可能需要进行急诊的肛窦切开引流手术治疗，患者手术以后也需要常规使用抗生素来进行抗感染治疗，并且需要使用高锰酸钾粉来进行坐浴。除此之外，患者平时要尽量保持大便的通畅，多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜等。