阴茎的长短和体内激素水平以及环境温度有关。一般情况下，在温度较低的环境下，阴茎的血管收缩，血液循环会减少，这种情况下就会导致阴茎的长度变短。当环境温度升高时，阴茎的血管扩张，血液循环增加，阴茎的长度又会恢复正常。阴茎的发育和雄激素的水平有密切的关系，当各种原因引起雄激素水平下降时，就会导致阴茎的长度减小。比较常见的疾病有下丘脑分泌异常、睾丸分泌异常、睾丸发育不全、多染色体畸形等。此外后天的包皮过长伴有反复感染，肥胖体型也可以导致阴茎变小。