疱疹性咽峡炎属于病毒感染，主要病原体为柯萨奇病毒A型和肠道病毒71型。病毒通过消化道或者呼吸道侵入机体，引起疾病的发生、发展。病毒主要通过鼻咽、口腔侵入呼吸道，以及消化道局部黏膜，在黏膜上皮细胞、咽部，或者肠道淋巴组织停留和复制。释放入血液后引起相应组织和器官发生一系列炎症反应，免疫力低下的婴幼儿更容易受病毒感染，会引发疾病。接触到病毒污染的手、物品，与隐性感染者密切接触者都可以引起感染。