细菌性阴道炎的首选药物是抗厌氧菌的药物治疗，主要包括甲硝唑、替硝唑、克林霉素。其中甲硝唑会抑制厌氧菌的生长，而不影响乳杆菌的生长，是较理想的治疗药物。治疗方式分为口服用药和局部用药，局部用药一般是指阴道内用药，患者不同的生理阶段，用药方式有所不同。例如无性生活的女性则不宜阴道内用药，以口服用药为主。而对于口服用药副作用大或妊娠期的女性，主要以阴道内的用药为主。细菌性阴道炎需要及时进行治疗，否则导致子宫内膜炎、盆腔炎或妊娠期导致胎膜早破，绒毛膜羊膜炎的风险会明显增高。