呼吸的时候肚子疼，常会见于急性胃肠系统的疾病，比方说急性胃肠炎、胆囊炎、胆结石、肠痉挛等，如果是急性胃肠炎，要用抗生素抗感染治疗，常用的有甲磺酸、左氧氟沙星、氟哌酸、头孢克肟等进行抗感染治疗。如果是胆囊炎引起来的呼吸时肚子痛，也要选用抗生素进行抗感染治疗。如果是胆结石引起来的呼吸时肚子痛，必要的时候要进行手术治疗。如果是肠痉挛引起来的呼吸时肚子痛，要用解痉的药物进行治疗。如果出现呼吸时肚子疼，就应该去医院就诊，通过腹部增强CT、腹部彩超、血常规、胃肠镜的检查等，来进一步明确诊断，以便进一步的治疗。当然呼吸时肚子疼也可以见于这几天运动量比较大，会引起来肌肉牵拉性的疼痛，还会伴有呼吸的时候肚子疼，这种休息以后就可以了，不需要特别的治疗。