灰指甲的治疗最主要的就是要彻底去除病甲，可用40%尿素封包病甲1周左右，待甲板完全软化后尽量刮除。以后每日在病甲处外用30%冰醋酸或咪康唑酊剂等。同时要随时清除病甲，直至全部新甲长出。若去除病甲有困难，可手术拨除。 若同时累及多个指甲、累及甲根或者局部治疗有困难者，就需要口服药物治疗，最常用的是特比奈芬或伊曲康唑。