阴茎根部长痘痘可能的原因主要是以下几个:第一、有可能是由于阴茎珍珠疹引起的长痘痘，这种情况往往没有疼痛或者瘙痒的感觉，对人的身体并无任何危害，是一种生理发育的异常，所以一般来说不需要治疗。第二、也有可能是由于生殖器疱疹引起的阴茎根部长痘痘，这种情况可能是由于不洁性接触而导致的，建议需要抗病毒治疗。第三，还有可能是由于过敏导致的阴茎根部长痘痘，这种情况常常伴有剧烈瘙痒，还可出现溃烂等症状，一定要及时的进行抗过敏和消炎治疗。