脑梗发烧39度，首先要考虑是感染引起的。要完善血常规、c反应蛋白、降钙素原、尿常规、血培养、痰培养、胸部CT等积极查找感染源。脑梗塞之后常见的感染，主要是肺部感染、泌尿系感染。如果生化检查提示感染要经验性的使用抗感染的药物。在培养结果回报后再根据培养结果调整抗感染药物。如果体温持续升高，要使用退烧药物以及物理降温。而且要嘱咐患者多饮水，保证电解质正常。另外，当脑梗塞损伤到机体的体温调节中枢的时候，会引起中枢性的发热，此时不能够使用抗感染的药物，要使用物理降温。