扁桃体炎可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。在正常人的咽部和扁桃体隐窝内都存留着某些病原体，平时不致病，当机体抵抗力降低或受凉、疲劳、过度烟酒及上呼吸道慢性疾病刺激时，病原体大量繁殖，毒素破坏扁桃体隐窝上皮，细菌入侵引起急性扁桃体炎。其主要致病菌是乙型溶血性链球菌，其他致病菌如非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌及腺病毒、鼻病毒、单纯性疱疹病毒等病毒感染也可引起本病，也可能是细菌和病毒混合感染。慢性扁桃体炎多由急性扁桃体炎反复发作所致或扁桃体隐窝内细菌、病毒感染引起炎性渗出物堵塞，引流不畅慢慢演变形成。也可继发于流感、鼻炎、鼻窦炎等，也可能与自身变态反应有关。主要致病菌是链球菌和葡萄球菌。