临床上针对普通的复发阿弗他溃疡，在治疗上主要以局部治疗为主，治疗目的是消炎、止疼、促进溃疡的愈合，局部用的药物有西瓜霜喷剂、开喉剑喷剂、利多卡因凝胶、重组人表皮生长因子凝胶、口腔溃疡灵等。也可以用替硝唑含漱液或康复新液漱口，以促进溃疡的愈合。对于特别深大的腺周口疮 ，这类症状严重且经久不愈的深大溃疡，可以用曲安奈德混悬液加等量的利多卡因溶液，每1-2周局部封闭一次。对于频繁发作，且病情较重或长期不愈合的溃疡，可以考虑全身治疗，以减少复发并促进愈合。可以口服维生素C片或增强机体免疫力的药物，比如转移因子或胸腺肽等。