双侧的卵巢囊肿如何治疗要根据卵巢囊肿的性质来决定。根据卵巢囊肿的性质不同，治疗方法也是不一样的，具体见于以下方式：首先是生理性的卵巢囊肿不需要治疗，大多数会自行消失。其次还有卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿，则大多数是需要治疗的，较小的卵巢子宫内膜异位囊肿可以采取药物治疗。当卵巢巧克力囊肿较大，大于5cm以上，或者出现临床症状或者囊肿迅速长大，这种情况需要进行手术治疗。