在临床当中，替硝锉用于各种厌氧菌感染，如败血症、骨髓炎、腹腔感染、盆腔感染、肺支气管感染、肺炎、鼻窦炎、皮肤蜂窝组织炎、牙周感染及术后伤口感染；用于结肠直肠手术、妇产科手术及口腔手术等的术前预防用药；用于肠道及肠道外阿米巴病、阴道滴虫病、贾第虫病、加得纳菌阴道炎等的治疗；也可作为甲硝唑的替代药用于幽门螺杆菌所致的胃窦炎及消化性溃疡的治疗。一般情况下，替硝唑用几天是需要根据患者的实际病情去评估的。在临床中比较常见的是阴道给药，每次一枚放入阴道后穹窿处，隔日一次，连用两次为一疗程，用于滴虫性阴道炎及细菌性阴道炎的治疗。