阴茎起水泡的原因主要包括：第一，阴茎炎性感染。如果有存在细菌或者真菌等病原体感染，受感染刺激，也有可能会导致阴茎皮肤出现一些小水泡的可能，还会伴随有一些骚痒等不舒服的。第二，生殖器疱疹。如果有存在生殖器疱疹病毒感染，也会导致生殖器部位出现一些水泡，可能会表现为一小簇一小簇的水泡，并且会伴随有疼痛感的。第三，摩擦过度。如果手淫或者性生活太过于频繁，摩擦过度也会导致局部出现水泡。不过这种原因所造成的水疱通常只有一两个，而且可能会比较大一点的。