大肠杆菌选用氨苄青霉素、羟氨苄青霉素、庆大霉素口服片，多粘菌素E、重症用三代头孢菌素。鼠伤寒沙门氏菌口服羟氨苄青霉素，重症用三代的头孢菌素。空肠弯曲菌用大环内酯类。金黄色葡萄球菌、肠球菌，用青霉素二代，万古霉素。真菌性的肠炎，停用抗生素，口服制霉菌素。改善肠道微循环状态，可以用乳酸杆菌、粪链球菌、蜡样的芽孢杆菌等微生态制剂。