商贸公司小规模税率自2009年开始是3%。商贸公司分为小规模纳税人和一般纳税人，小规模纳税人开普通销售发票，一般纳税人开具的发票是增值税专用发票。这两种发票所交纳的税率是不一样的，小规模纳税人的税率自2009年开始是3%，一般纳税人的税率是17%。