毕业论文不会进档案，一般情况下都是毕业指导老师留一份作为学生大学资料。毕业论文是专科及以上学历教育为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前撰写的论文。一般安排在修业的最后一学年（学期）进行。