支原体对抗生素耐药较为普遍，可用于治疗支原体感染的抗生素包括大环内酯类、喹诺酮类、四环素类以及其它一些抗生素。支原体对磺胺类、利福平、甲氧苄氨嘧啶和所有作用为抑制细胞壁合成的抗生素耐药。四环素类是治疗人型支原体和解脲支原体的首选药物，常见的比如四环素、多西环素、米诺环素等，而多西环素和米诺环素的疗效优于四环素。