脚气和灰指甲在治疗期间，不一定按照先后的顺序来进行治疗，通常可以同时进行治疗的。如果脚气和灰指甲都存在，通常可以采取口服药物的治疗方式来消除这两种疾病，一般可以口服伊曲康唑，或者口服灰黄霉素等。这些药物既能够治疗脚气，也能够治疗灰指甲。脚气实际上是指脚癣，也是脚部出现真菌感染而产生的常见症状，而灰指甲实际上就是甲癣，只不过甲癣发生以后，造成甲板的灰白现象，所以有的人通俗的称之为灰指甲。这两种疾病在发生以后，都可以通过抗真菌治疗的方式来达到消除的目的。