紧急避孕药和长期短效避孕药的区别主要有：紧急避孕药是无保护性性生活72小时内服用的事后避孕药物，对身体内分泌的影响比较大，可导致女性的月经紊乱，造成停经甚至是闭经。长效避孕药一般是服用间隔时间几天或者是更长的时间，目前长效避孕药较少应用。短效避孕药就是服用的间隔时间比较短，一般是每天口服一片，每天一次，连续服用21天。短效避孕药的副作用相对少。紧急避孕药药一般要求女性一年不能服用超过三次，一个月不能超过两次，女性不能把紧急避孕药作为常规的避孕措施，以免造成严重的副作用。