乙肝小三阳虽然病毒复制量低，或者不复制，但血中乙肝病毒不经过抗病毒治疗，每年自然转阴率仅为0.5%～1%。目前所有抗病毒疗法都不能明确使小三阳的乙肝表面抗原转阴，因为感染乙肝病毒后，病毒不仅存在于血液当中，还有相当多的乙肝病毒DNA整合到肝脏的细胞核中，形成乙肝病毒共价闭合环DNA，也称cccDNA。血中乙肝病毒DNA，通过抗病毒治疗可以转阴，但是尚不能清除肝细胞核中的cccDNA，cccDNA仍会不断的合成乙肝表面抗原。目前清除cccDNA达到表面抗原转阴的抗病毒方案尚未发现，最高转阴率仅为8%。