小活络丸和大活络丸的区别主要有：两种药物成分有所不同，小活络丸主要含有胆南星、制川乌等中药，大活络丸主要含有蕲蛇、乌梢蛇等中药成分。在不良反应上两者也有区别，小活络丸不良反应尚不明确，大活络丸的不良反应主要有胃不适、腹胀、腹痛、恶心、皮疹、皮肤瘙痒、头痛、心悸等。在禁忌症上两者也有区别，小活络丸的禁忌症主要是孕妇禁用，大活络丸的禁忌症除了孕妇禁用，肾脏病患者、新生儿也禁用。两者作用机制大致相同。