非复杂性急性肾盂肾炎临床症状呈中度者，口服有效抗菌药物两周，常用药物有复方新诺明、呋喃妥因、新一代喹诺酮类药物，青霉素类等，一般抗菌治疗2~3天可显效，如已显效，不需按药敏结果更换药物，如无好转则参考药敏结果更换抗生素，14天疗程后，尿菌阴转率可达90%左右。若尿菌仍阳性，参考药敏结果选用药效更强的抗生素，治疗4~6周。症状严重的肾盂肾炎一般采用肌肉或静脉给予抗生素，喹诺酮类、青霉素类、头孢类，必要时联合用药。发热的患者经治疗热退后三天，再更换为口服抗生素，疗程要达到两周，用药期间每1~2周做尿培养，观察尿菌是否转阴。如果经治疗后仍持续发热，则应注意是否存在并发症，如肾盂积脓、肾周脓肿等，必要时可做肾脏B超检查。疗程结束和停药后第2、6周要分别作尿细菌定量培养。