男性小便时会痛，可能的原因比较多，需要到医院进一步检查，来明确原因。1.急性尿道炎。可以造成小便时疼痛。同时可能会伴有尿频、尿道分泌物增多等，这是由于细菌感染导致黏膜出现糜烂、出血或者伴有浅表溃疡等。排尿过程中刺激相关病变处，就可以产生疼痛感。2.尿道结石。可以造成小便时疼痛，或者伴有腰痛、腹痛、排尿困难、排尿分叉等病史。严重的患者可能会出现急性排尿困难，或者尿道口滴血的现象。需要进行B超或者尿道镜检查，来进一步明确。3.男性前列腺炎。也可以导致小便时疼痛，伴有会阴区胀痛、尿道分泌物增多，或者伴有疲乏无力、小腹部隐痛等不适，需要进一步进行前列腺液化验检查来明确。4.一些性传播疾病。主要由于高危性行为以后，出现一些病原体感染。比如支原体、衣原体、淋球菌等都可以造成小便疼痛，一般都有明确的高危性行为接触史。