发烧时肌肉酸痛一般是因为发热之后肌体的肌肉组织代谢异常，导致酸性物质在肌肉内堆积造成肌肉酸痛。处理一般首先去除病因，根本原因就是发热，所以一定要迅速地控制体温，降温治疗分为物理降温和药物降温。目前一般先强调物理降温，温水擦浴，冰敷大动脉等。如果物理降温无效，可使用退烧药物治疗一般的非甾体类解热镇痛药，无论是口服还是肛门栓剂都可以适度的使用。但是在使用非甾体类解热镇痛药的时候，尤其是患者正在发烧的时候，一定要注意事先补充适当的水分，因为非甾体类消炎镇痛药在体温正常的情况下是阵痛，在发热的情况下，除了镇痛以外，还会诱导出汗，这时候尤其是儿童、小孩或老年人，容易因为出汗过多导致血压下降，身体血压下降，出现虚脱反应。