大便时肛门疼痛有以下几种原因：首先，考虑有肛裂的存在。在肛门口的位置，形成了皮肤的裂口。裂口如果比较深，肛门括约肌外露，在排便的时候，粪便刺激肛门括约肌会出现刀割样，或者是撕裂样的疼痛。其次，有痔疮的情况。痔疮当中的内痔发生了脱出，血液循环受到了影响，发生了水肿可以出现排便时肛门的疼痛。外痔的部分有水肿、血栓、发炎、在排便时也可以出现疼痛。再者，有肛门周围感染性的疾病存在，比如有肛门周围脓肿，或者是直肠粘膜下脓肿的情况。建议患者早到正规医疗机构进行就诊，及早的进行治疗。