银杏酮酯滴丸是中成药，上市后的不良反应报告显示，在医生的指导下辨证合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者服药后出现胃部不适、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应。一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失，如果症状严重请去医院就诊。出现胃肠道反应的患者可以饭后服用，以降低胃肠道不良反应的发生率。极个别患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。久服或者过量服用会增加不良反应发生的频率和程度，甚至会给肝肾造成损伤，个别患者还可能会出现出血倾向，故不可擅自更改服药的剂量和疗程，请遵医嘱用药。