生殖器疱疹可由单纯疱疹病毒1型，或者是单纯疱疹病毒2型感染所引起，但是临床是以单纯疱疹病毒2型引起者为多见。单纯疱疹病毒1型大多引起的是发生于口唇部位的单纯疱疹。认为单纯疱疹病毒可以通过生殖器或肛门皮肤粘膜摩擦后出现的微小裂隙以及损伤处进入皮肤粘膜内，病毒入侵以后会在皮肤的细胞内复制，引起局部炎症和坏死，出现原发感染的临床表现。待皮损消退以后病毒不会从体内消失掉，而是在神经细胞内潜伏起来，当机体免疫力低下的时候，病毒会被激活再次发病。