多囊肾的患者有结石时可以通过排石治疗、溶石治疗、手术治疗的方法治疗结石。1.排石治疗：可以通过多饮水，保持适当运动，并且使用一些解痉药物帮助结石排出。其中跳绳、跑步等动作能够促进结石的排出。2.溶石治疗：对于胱氨酸结石、尿酸结石的患者，可以采用溶石治疗。3.手术治疗：对于结石的直径在一厘米以上；排石治疗无效者；无尿、肾后性的急性肾衰竭患者等，需要进行手术治疗。