在临床上，对于是否肛瘘主要是根据病史，临床症状以及辅助检查来明确。如果患者既往发生过肛周脓肿，后面又在发生肛周脓肿的部位出现间断性的肿胀，疼痛，破溃，流脓，就要考虑到肛瘘的可能，如果进行查体，发现有明确的内口，外口，就可以确诊肛瘘。除此以外，辅助性检查也可以明确肛瘘，比如直肠肛管彩超以及盆腔的核磁共振，还有肛瘘造影术，探针检查术。这些检查基本上都能够明确肛瘘的存在。