佐匹克隆的副作用与剂量及患者的敏感性有关。偶见思睡、口干、肌无力、遗忘、醉态，易受刺激或精神混乱、易激惹，头疼、乏力。长期服药后突然停药会出现戒断症状。可能有较轻的激动、焦虑、肌痛、震颤、反跳性失眠及恶梦、恶心及呕吐，罕见较重的痉挛、肌肉颤抖、神志模糊。佐匹克隆禁用于对本品过敏者，失代偿的呼吸功能不全患者，重症肌无力、重症睡眠呼吸暂停综合症患者。孕期妇女慎用。因本品在乳汁中浓度高，哺乳期妇女不宜应用。15岁以下儿童不宜使用本品。