男性患者阴茎尿道流脓通常，是尿道感染所引起的，因为脓液通常是感染后黏膜坏死而形成的。而且若感染部位发生在尿道以上，多数情况下脓液是伴随着尿液一起流出的，而不是单纯从尿道口流出。导致尿道流脓最常见的疾病是淋菌性尿道炎，是由淋病奈瑟菌感染引起的感染性疾病，具有一定传染性，归于传染性疾病一类。所以这类患者在积极抗菌治疗的同时，需要做好自我隔离，避免传染给其他人。具体方法为在疾病治愈前，患者的衣物要单独存放和清洗，且不能进行性生活。但也有部分患者是厌氧菌，或金黄色葡萄球菌所引起的感染，所以需要提取脓液进行细菌培养以明确，并予以针对性治疗。