肛周脓肿的治疗会依据肛周脓肿的病情，给予相应的治疗，一般表浅的脓肿，可以选择口服广谱的抗生素，对范围较大的脓肿需要联合用药，比如有甲硝锉、卡那霉素、内酶素等，外用的药物可以涂抹金黄膏、活血止痛散等。如果脓肿有波动感，那么是需要及时的手术，切开排脓，一般早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛门的脓肿可以获得治愈。高位的脓肿病情复杂，存在反复发作的可能。极少数患者因感染过中可以造成死亡。