双方当事人就修改过后的合同产生争议，自然可以按照合同约定向法院起诉解决。

【法律依据】

《合同法》第七十七条规定，当事人协商一致，可以变更合同。法律、行政法规规定变更合同应当办理批准、登记等手续的，依照其规定。