有分隔卵巢囊肿和无分隔卵巢囊肿的区别主要表现在：有分隔的卵巢囊肿属于病理性的囊肿，一般多是多房型的，多是由于患者的卵巢功能出现异常、长期吸烟、受到电离辐射或者存在炎症等导致的。患者可能会出现月经紊乱、出血等一系列的现象，需要及时地进行治疗的。而无分隔的卵巢囊肿则属于生理性的囊肿，一般不需要进行特殊的治疗，在月经之后会逐渐地消失。所以，当确诊为有分隔的卵巢囊肿时应及时地治疗，可以采取手术切除，减轻患者症状。