龟头上有水泡可能的原因如下：第一，患有龟头炎，比如细菌、真菌或者滴虫等感染所致的龟头炎，都可能会出现小水泡。第二，如果疱疹病毒感染，这时可以出现龟头上有小水泡，伴有疼痛感。都有过不洁的性接触导致感染。第三，如果龟头长期摩擦或者有机械性、化学性刺激等，比如频繁的手淫，或者使用酒精等刺激性溶液进行局部消毒，可以导致局部产生水泡，伴有明显的疼痛感。