在临床上肛瘘如果痛起来，一般可以积极的抗感染治疗，当然有条件的还是最好进行手术治疗。肛瘘如果痛起来，就表明肛瘘处于炎症期或者活动期，瘘管内炎性反应形成渗出液，后面缓慢的转化为脓液，出现肿胀，疼痛。一般来说建议积极的抗生素抗感染治疗，可以口服抗生素，也可以静脉输注抗生素，还可以在肛瘘的疼痛表面涂抹抗生素软膏，临床上应用比较多的有头孢克肟，头孢地尼，头孢呋辛钠等等，还有百多邦。如果有条件的最好进行手术治疗，比如肛瘘切开术，肛瘘切除术等等。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。