甲钴胺最常见的副作用就是胃肠道反应，包括但不限于饮食不振、恶心、呕吐、腹泻、消化不良等。也有一些患者服用甲钴胺之后会出现过敏反应，皮肤出现皮疹。但抗过敏治疗后很快好转，并没有严重过敏反应的报道。如果超大剂量或者没有医师指导长期服用甲钴胺，可能会出现神经失常。