怀孕三个月肚子痛可能的原因有：早期由于胎儿形成，子宫增大可能会出现假性宫缩，从而导致牵扯性疼痛，这个属于生理性腹痛，建议多注意休息，禁止性生活。如果休息之后腹痛无明显缓解则应该考虑先兆流产可能，如出现先兆流产可同时伴有阴道出血，建议尽量保胎治疗。同时应排除其他疾病导致的肚子痛，比如胃肠炎，急性胰腺炎，卵巢蒂扭转，子宫肌瘤变性等，建议及时医院就诊排除。