部分患者在服用艾普拉唑肠溶片之后会出现一些副作用，比如有腹泻，头晕，头痛，有肝功能受损出现转氨酶升高。还可见于皮疹，荨麻疹，腰痛，腹胀，口干口苦，胸闷，心慌，月经时间延长，肾功能异常，比如有蛋白尿，还可出现有心电图的异常，比如可出现有室性期前收缩，一度房室传导阻滞，白细胞减少等。大多数这些副作用是轻度到中度的，能够逐渐的自己缓解。