囊肿的治疗方案要看具体的严重程度，部位，然后再确定相应的治疗方法。通常囊肿是良性的病变，大多为先天性的因素引起。大部分的囊肿对身体并没有什么不良的影响，比如说甲状腺的小囊肿，肝囊肿、肾囊肿等等，这种情况下可以暂时不用治疗，要注意观察，可以定期复查彩超。如果囊肿有增大的趋势，或者有不适症状，或者是导致了腺体的功能异常。比如说甲状腺囊肿引起甲亢，可以用药物进行控制。对于症状严重的还可以考虑通过手术进行切除，肾囊肿可以考虑肾穿刺手术，甲状腺囊肿可以手术切除，卵巢囊肿也可以手术切除。