怀孕三个月肚子痛的原因，首先应排除生理性的原因，如休息后有缓解，一般考虑生理性的腹痛，建议平时多注意休息，注意增强营养。同时应排除病理性的腹痛，比如先兆流产或宫外孕。先兆流产除了肚子痛，一般伴有阴道出血等症状，尽量医院及时就诊和保胎治疗。另外应排除盆腔炎症、胃肠道疾病，比如慢性盆腔炎，肠炎，阑尾炎等。同时排除卵巢肿瘤蒂扭转或肿瘤破裂而导致的腹痛，一旦出现此种情况，应及时医院就诊。