阴茎根部里面隐隐作痛可能是有前列腺炎引起，前列腺炎主要是患者的前列腺腺体内受到细菌侵袭，导致腺体炎症感染发生，患者会出现尿频、尿急、尿分叉、尿道口滴白，患者下腹部、会阴部以及后腰部有胀痛不适症状。出现上述的症状，患者可以到当地医院泌尿外科或者男科进行一系统检查，做前列腺液常规检查；确诊后需要进一步检查做前列腺液细菌培养，加上药物敏感试验，根据检查结果找到致病菌，对这个致病菌比较敏感抗生素，再使用敏感抗生素进行治疗。