质量保证金的扣留手续，主要有两种：

1、逐次扣留，即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留；

2、一次性扣留，即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。

法律依据：

《合同法》第二百八十一条

因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。