女性小便时尿道口存在疼痛，原因是比较多的。其中最常见的原因是以下两种：第一、泌尿系感染，可以经过尿常规、彩超、细菌培养、药敏试验来明确诊断，然后进行止痛治疗以及抗菌消炎治疗。第二、尿道肉阜，好发于尿道外口的肿物，通过当面的体格检查就可以明确诊断。一般情况下，都会存在疼痛和接触性出血，需要进行手术切除。第三、其它的原因还有泌尿系结石、结核、肿瘤等等，但相对来讲发病率会少一些。出现这种情况需要进行详细的检查，判断病因，然后进行针对性的处理。